經過多方面的考慮，決定選址瑪嘉烈醫院興建全港首間傳染病醫療中心。考慮的因素包括：現時瑪嘉烈醫院為全港唯一傳染病中心；有足夠的經驗及能力應付傳染病；服務的醫護專才有豐富的經驗去治療傳染病病人；以及瑪嘉烈醫院經「沙士」一役，治理全港3分之1的「沙士」確診病人，累積了不少寶貴經驗。
　　醫院管理局2004年中旬獲政府撥款5億3千8百萬，隨即展開瑪嘉烈醫院傳染病中心興建工程，目前已經完成平頂階段，工程預計於今年第四季度完成。
　　瑪嘉烈醫院聯同建築署分別於2003年上旬與區議會及居民代表多次面談，作出充分公眾諮詢；向各與會者詳細解釋感染控制設施、監管與運作流程，並邀請他們實地參觀改建後的傳染病隔離設施。地區人士均支持興建這醫療中心。

中心的主要設施與特色
　　傳染病醫療中心於瑪嘉烈醫院E、F座大樓對開斜坡興建，樓高17層，總樓面面積達21,600平方米，一共提供108張隔離病床，其中14張為深切治療病床。
　　病房以獨立隔離病室組成，每個獨立病室設一張或兩張隔離病床。獨立病室安裝雙重負壓電動互鎖門，配以負壓空調及高效能空氣過濾系統。
　　中心安裝負壓空調，避免室內污染的空氣流出清潔區。排污系統加設自動消毒系統，先將病人排泄物消毒，才排放往公共污水渠。這項設施超越了世界衛生組織的規定，特別因應本港情況而增設的額外措施，以保護環境，確保不會污染公用污水渠。

設計靈活兼容實用
　　病房設獨立更衣區（潔淨與污染區），避免員工於穿上或脫下保護衣物時受到感染；病房同時亦設有獨立淋浴室與廁所。傳染病中心大樓及升降機均劃分潔淨區與污染區，以有效控制感染流程。
　　中心設有放射診斷設施，包括X光機及電腦掃描間。為減低感染機會，中心將以電腦放射影像代替傳統X光片；此外，中心設有生物安全第三等級臨床實驗室，以便即時及妥善處理具傳染性樣本。
　　衛生防護中心設辦公室於傳染病中心內，以便即時跟進傳染病個案。傳染病中心設連接橋，貫通醫院E、F座、G座及P座大樓，方便隨時調配資源與醫療設施。
　　傳染病中心設備先進，設計靈活實用，既可容納大型疫症病人，同時亦可與醫院其他專科配套互相結合使用。傳染病中心設備優良，除專責處理傳染病外，平時亦會物盡其用，與醫院其他專科配合，務求靈活調配病床與各項先進設備以紓緩市民對醫院服務的需求。